1945. augusztus 9-én az amerikaiak ledobták a Fat Man nevű atombombát a városra. A bomba elsődleges célpontja Kokura volt, az ottani kedvezőtlen időjárás, a vastag felhőréteg miatt választották a másodlagos célt, Nagaszakit. A hirosimai atomtámadás után három nappal Nagaszakira ledobott atombomba csaknem 80 ezer halálos áldozatot követelt, és további 75 ezren szenvedtek sugársérülést.